LEGO® Marvel ™ Super Heroes turi originalią istoriją, peržengiančią visą "Marvel Universe". Žaidėjai kontroliuoja Geležinį žmogų, Žmogų vorą, Halką, Kapitoną Ameriką ir daug kitų marvel simbolių, nes jie suvienija, kad sustabdytų "Loki" ir kitų marvel piktadarių, galinčio sunaikinti pasaulį. Žaidėjai bus persekiojami"Cosmic Bricks", kai jie keliauja per "LEGO Manhattan" ir aplankys pagrindines "Marvel Universe" vietas, tokias kaip "Stark Tower", "Asteroid M", "Hydra" bazė ir "X-Mansion".